من أول الأقسام التي أنشئت في أمانة الشؤون العلمية يعني بشؤون الطلاب ابتداء من قوائم الطلاب المرشحين للقبول حتى تأريخ تخرجهم في الجامعة، من خلال إجراءات التسجيل، وأجازة التقويم الدراسي، وإجازة نتائج الفصول الدراسية، والاسترحامات، وطلاب التجسير، وطلاب القيد الزمني، ويتم كل ذلك عبر استمارات مختصة بكل بند من بنود الدراسات الجامعية، وكل هذه الاستمارات تم تصميمها من لجنة الدراسات الجامعية، وخضعت لمراجعة الكليات، ثم تمت أجازتها من مجلس أساتذة جامعة الجزيرة.